水箱自洁消毒器应根据二次供水箱（池）容积和形状选择单台或多台均匀布置，根据实际情况选择其处理量和安装方式。水箱自洁消毒器按安装位置分内置式和外置式。
外置式水箱消毒器用于微生物（如菌藻）滋生水质的净化处理，其原理在于经消毒器电解处理后，水中细菌和藻类的生态环境发生变化，生存条件丧失而死亡。
内置式水箱消毒器的原理是氧气通过高频高压电场，使氧转化为臭氧，并及时与水混合，利用臭氧的强氧化作用，杀灭水中的细菌。杀灭细菌效果最佳浓度，可以通过改变进水压力、气量、电流等调节来达到。由于臭氧在水中的氧化还原电位为 2.07v，比氯（1.36v）高，所以在臭氧量仅为氯的万分之一时，灭菌效果比氯及其它药剂快600-3000倍，数秒内可杀死细菌。
